Desde 1538 llegaron a territorio de los Quijos los españoles Gonzalo Díaz de Pineda y Gonzalo Pizarro en su búsqueda del Dorado y La Canela y también lo cruzó Francisco de Orellana para lograr su descubrimiento del río Amazonas. Esta ciudad fue fundada el 14 de mayo de 1559 por el capitán español Gil Ramírez Dávalos, gobernador de Quito, en compañía de Francisco Atahualpa, hijo del último rey inca, con el nombre Ciudad de Baeza del Espíritu Santo de la Nueva Andalucía. Décadas más tarde el Rey Felipe II la otorgó el título de Muy Noble y Muy Leal y le entregó como patrona a la Virgen del Rosario. El año pasado cumplió la ciudad 450 años de fundación española. El 16 de mayo de 1995 el Instituto Nacional de Patrimonio Cultural le otorga al Centro Histórico de la Ciudad de Baeza la calidad de Patrimonio Cultural del Estado por su rico pasado y su arquitectura republicana, siendo la única con esta dignidad en la Amazonia.

Me congratula comunicarle que en la Baeza histórica, en la antigua iglesia, implementamos y mantenemos un Museo dotado de arqueología de la tribu Quijos, quienes habitaron estas tierras a la llegada de los españoles; fotografías antiguas debidamente organizadas sobre el pasado histórico de los pueblos amazónicos del Alto Napo y especialmente de esta ciudad desde su colonización; objetos religiosos, libros sobre historia y literatura de estos territorios, además de la propia arquitectura antigua de Baeza.