Créé en 1863 par Pedro Carbo Noboa, il fut initialement connu sous le nom de "Musée Industriel". En 1908, il acquiert son nom actuel, en s'associant à la Bibliothèque Municipale de Guayaquil et en incluant des pièces d'art à ses collections d'origine. La section archéologique fut incorporée en 1971, alors que le Musée se déplaça vers ses installations actuelles (rues Pedro Carbo et Chile). Sous l'administration de Paco Cuesta (années 90), un totem manteño-huancavilca (1 500 ap. J.-C.) fut placé à l'entrée, ainsi qu'une tombe en puits manteña, en guise de reconstitution des rites funéraires de cette culture.

De fait, le premier étage du Musée est consacré à la partie archéologique, illustrant ainsi les origines de Guayaquil. Au deuxième étage, l'on peut apprécier les salles d'art sacré, d'art contemporain, ainsi que les secteurs consacrés à la numismatique et aux expositions temporaires. Par ailleurs, la réserve du musée compte 12 000 pièces, parmi lesquelles figurent des collections d'archéologie et anthropologie.

L'administration actuelle du musée cherche à le transformer en une vitrine dynamique de l'histoire du pays. Entre autres initiatives, il organise ainsi cycliquement des programmes d'expositions itinérantes présentées dans diverses institutions éducatives ou encore, des établissements publics et privés.

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