A través de su labor, Jacinto Jijón y Caamaño dio cuenta de una preocupación constante por la identidad nacional, la misma que se refleja a lo largo de su carrera de investigador. De hecho, Jijón y Caamaño tuvo la oportunidad de trabajar en diversas zonas del Ecuador: Urcuquí, Quito, El Quinche, Riobamba, Guano, Tuncahuán, Elén-Pata, Cerro Jaboncillo, Manta. Excavó también en Lima (cultura Maranga), mientras que su vocación profesional y sus vuelos autodidactas lo condujeron hasta Europa, en cuyas bibliotecas y archivos investigó desde 1912 hasta 1916. Fue el primer arqueólogo ecuatoriano en trabajar con estratigrafía, y en proponer una secuencia cultural precolombina basada en el registro material excavado y/o analizado. Esta rigurosa metodología de investigación fue además minuciosamente plasmada en diarios de trabajo, los mismos que pueden ser admirados hoy en día en las vitrinas del museo. Por otra parte, cabe resaltar que, acorde a la tendencia de su época, las interpretaciones de Jijón denotan un tinte claramente difusionista. Le debemos también la idea de la famosa “liga de mercaderes manteña”.

El fondo arqueológico conformado por Jijón fue exhibido por vez primera en 1950, fecha en que su creador fundó su Museo de Antigüedades y de Arte Ecuatoriano en la mansión de la Circasiana, construida por don Manuel Jijón Larrea. Joya del patrimonio arquitectónico y artísitco quiteño, la Circasiana fue transformada por Jijón en sede de su "Gran Biblioteca Americanista", así como de su laboratorio. En la actualidad, alberga las oficinas del INPC y del Archivo Municipal Histórico.

El fondo arqueológico de este museo constaba inicialmente de material excavado o rescatado por Jijón, a raíz de sus investigaciones en la Sierra, la Costa y en Perú, material al que se añadieron piezas mesoamericanas, así como la colección de Max Uhle, y un fondo etnográfico. La organización actual del museo de la PUCE combina una visita organizada en torno a ejes geográfico-culturales (regiones cañari, puruhá, panzaleo, de Urcuquí, Chaupicruz, Tuncahuán, Carchi, Cuasmal, Manteño, Napo y Maranga), cronológicos (invasión inca por ejemplo...), y temáticos (metalurgia, visiones shamánicas, estilos híbridos, el ecosistema andino).

Cada tema de la exhibición cuenta con paneles explicativos y mapas referentes a las piezas que les son asociadas. Asi, cada cultura consta de una presentación referente a sus prácticas agrícolas, artesanales (alfarería, metalurgia), funerarias, políticas y religiosas. Cabe resaltar que el museo posee además especímenes únicos de la famosas sillas manteñas. Por otro lado, las piezas de la cultura Napo fueron añadidas posteriormente al fondo original de Jijón, ya que este último no investigó en la región amazónica. Por último, se destacan la presentación de una momia maranga descubierta por Jijón, así como la reconstitución del ajuar funerario asociado a la misma.

A nivel museográfico, subrayaremos que, de manera general, tanto la calidad del guión como la presentación de las piezas orientan de forma eficiente al visitante, sea o no éste profesional. Quizá una mejor iluminación en ciertas vitrinas, la traducción de los paneles o la colocación de rótulos descriptivos en las piezas contribuirían a mejorar la organización ya considerablemente didáctica de esta exposición, la cual logra con todo éxito no sólo presentar una colección arqueológica en particular, sino también, dar a conocer la labor fundadora de su creador, la cual ameritaría una mayor difusión.

Presentación del museo en la página web de la PUCE